专用和普通的主要区别在于印制单位、使用主体、内容、联次和作用不同。专用由指定企业印制，只能由一般纳税人领购使用，内容包括纳税人的税务登记号、不含税金额、税率等，联次为三联或六联。普通由各种纳税人领购使用，没有特定主体要求，内容包括购买单位、销售单位、商品或服务名称等，联次为两联或五联。专用可用于购买方抵扣，而普通的抵扣较多。
法律分析
1、印制的要求不同
根据《税收征管法》第二十二条规定：“由税务主管部门指定的企业印制;其他，按照主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制。”依此可知，它们是由不同的印制单位印制的。
2、使用的主体不同
专用一般只能由一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，须由税务机关批准后由当地税局代开。不过到目前为止，国家已经将住宿业、鉴证咨询业、建筑业、工业及信息传输、软件和信息技术服务业小规模纳税人纳入了可自行开具专用的试点范围，这7个行业的小规模纳税人除了销售其取得的不动产的专用需要找税局代开外，可以自行开具专用。
普通由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，甚至未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购普通，没有特定的主体要求。
3、内容不同
普通开具的内容包括：购买单位、销售单位、商品或服务名称、商品或服务的数量和单位、单价和价款、开票单位(专用章)、收款人和开票日期等。专用除了上述普通具备的内容外，还须有纳税人的税务登记号(现在是统一信用证号码)、不含税金额、税率、税额等内容，缺一不可。
4、联次不同
专用由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次由记账联、抵扣联和联组成，现在我国的专用一般为三联和六联两种。普通一般也由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为两联：记账联、联，我国现行普通一般分为两联和五联两种。
专用和普通的具体联次见下表：
5、作用不同
专用不仅只是购销双方的收付款凭证，还可以用作购买方抵扣的凭据。普通中，运费、收购农副产品、废旧物资的可以按法定税率抵扣，税控设备和维护费可全额抵扣，其他的一律不可以抵扣。
结语
综上所述，专用和普通在印制要求、使用主体、内容、联次和作用等方面存在明显差异。专用由指定的企业印制，主要由一般纳税人领购使用，内容包括更多税务相关信息，联次一般为三联或六联；而普通印制和使用较为灵活，适用于各种纳税人，内容相对简洁，联次一般为两联或五联。专用不仅是收付款凭证，还可用于购买方抵扣，而普通的抵扣范围较为有限。
法律依据
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第六章 特别纳税调整 第一百一十一条 企业所得税法第四十一条所称合理方法，包括：
(一)可比非受控价格法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来的价格进行定价的方法；
(二)再销售价格法，是指按照从关联方购进商品再销售给没有关联关系的交易方的价格，减除相同或者类似业务的销售毛利进行定价的方法；
(三)成本加成法，是指按照成本加合理的费用和利润进行定价的方法；
(四)交易净利润法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来取得的净利润水平确定利润的方法；
(五)利润分割法，是指将企业与其关联方的合并利润或者亏损在各方之间采用合理标准进行分配的方法；
(六)其他符合交易原则的方法。
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第五章 源泉扣缴 第一百零四条 企业所得税法第三十七条所称支付人，是指依照有关法律规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人。
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第五章 源泉扣缴 第一百零六条 企业所得税法第三十规定的可以指定扣缴义务人的情形，包括：
(一)预计工程作业或者提供劳务期限不足一个纳税年度，且有证据表明不履行纳税义务的；
(二)没有办理税务登记或者临时税务登记，且未委托中国境内的代理人履行纳税义务的；
(三)未按照规定期限办理企业所得税纳税申报或者预缴申报的。
前款规定的扣缴义务人，由县级以上税务机关指定，并同时告知扣缴义务人所扣税款的计算依据、计算方法、扣缴期限和扣缴方式。