很多人都会很担心一种药会不会给自己的身体带来什么副作用，如果一种药会带来严重地副作用，那么就应该认真考虑是否要继续用药了，有人会问，辅舒酮有什么副作用？孕妇可以用吗？
对于副作用某些病人出现口腔和咽部白色念珠菌感染(真菌性口腔炎)。这样的病人于吸入本药后，应该用水漱口。
可在继续吸入丙酸氟替卡松的同时，局部用抗真菌药治疗白色念珠菌感染。某些病人吸入丙酸氟替卡松可能引起嗓音嘶哑，吸入后即用水漱口可能是有益的。
与其他吸入疗法一样，给药后可能出现支气管痉挛，此时应立即吸入速效支气管扩张剂，立即停用丙酸氟替卡松气雾剂，检查病人，必要时改用其他疗法。
丙酸氟替卡松对妊娠妇女的安全性尚无足够的证据。动物的生殖研究显示，全身剂量大大超过推荐的吸入剂量下，只有糖皮质激素样作用。
遗传毒性研究未见潜在的致突变性。然而与其他药物一样，只有当用药对母亲预期的益处大于对胎儿可能的危险时，才能考虑在妊娠期间给予丙酸氟替卡松。
尚不清楚丙酸氟替卡松是否自人乳汁排出，也无动物资料提供。然而，从药物动力学观点，丙酸氟替卡松进入乳汁是大有可能的。
虽然辅舒酮含有激素，但是影响不大，全身副作用不明显。