深圳市个人所得税计算公式：应纳税所得额=工资收入-各项社会保险费-免征额(3500元)。
1.应纳税额=应纳税所得额x税率-速算扣除。但超过个人所得税起征点的员工，公司有义务缴纳和代扣代缴个人所得税。公司在支付员工工资时，需要代扣员工个人所得税，然后向公司所在地税务机关缴纳代扣的个人所得税。公司代扣代缴后，员工不需要再就这笔工资单独缴税。
2.深圳工资扣税规定:深圳工资扣税(个税)起征点是5000元，适用于深圳工资、薪金所得适用的收入。应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数;应纳税所得额=扣除三险一金后月收入-扣除标准。
3.深圳工资扣税计算:深圳工资个税的计算公式为:应纳税额=(深圳工资薪金所得-“五险一金”-扣除数)×适用税率-速算扣除数;个税起征点是5000，使用超额累进税率的计算方法如下：缴税=全月应纳税所得额*税率-速算扣除数;实发深圳工资=应发深圳工资-四金-缴税。
法律依据:
《个人所得税法》
第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条
为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条
凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条
税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权规定的，依照制定的行规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行规相抵触的决定。